Основание Индианаполис Университет датируется началом XX века: строительство началось в 1902 году. Изначально он проектировался в качестве Центрального университета Индианы. По прошествии двух десятилетий (1921 год) он стал Центральным колледжем Индианы. А к 1986 году получил современный статус и сейчас известен как университет Индианаполиса.
Этот университет имеет сильную связь с Объединенной методистской Церковью Индианаполиса, поскольку именно с нее и началась его история. В 1902 году Уильямом Элдером было сделано предложение Церкви Объединенных братьев во Христе. Элдер предоставлял 8 акров земли для последующей постройки учебного заведения. В обмен на это церковь должна была оказать содействие в продаже участков, находившихся вокруг пожертвованной земли. Строительство кампуса началось практически сразу, но обучать студентов начали лишь спустя 3 года, в 1905 году. К этому моменту строительство Гуд-Холла, который стал самым первым зданием на территории университета, завершилось.
Indianapolis University начинал свою работу как школа. Предполагалось обучение, соответствующее средней школьной ступени, двухлетнее педагогическое обучение и колледж свободных искусств. Факультетов было несколько: школа ораторского искусства, музыкальная консерватория, библейский институт, педагогический колледж, колледж свободных искусств. Завершение обучение и аттестация обучающихся проходила в Академии. Именно там выпускникам вручали дипломы о среднем образовании.